Hay cuatro zonas de vegetación universalmente reconocidas que se presentan a lo largo del archipiélago: zona costera, zona árida, zona de transición, y zona húmeda.
Zona costera
Se trata de la franja costera de las islas e incluye las playas, los manglares y las lagunas salobres. Las plantas predominantes son los mangles, y en las partes más áridas, arbustos y pastos que toleran la sal. Las cuatro especies de manglar que se encuentran comúnmente en las calas y lagunas protegidas son el mangle rojo (Rhizophora mangle), el mangle negro (Avicennia germinans), el mangle blanco (Laguncularia racemosa) y el mangle botón (Conocarpus erecta). Algunos de los islotes más pequeños están completamente cubiertos por vegetación de la zona costera.
Zona árida
La zona árida es la zona más ampliamente distribuida, y muchas islas, incluso algunas de las más grandes como la Isla Genovesa, no tienen otro tipo de vegetación salvo el de la franja costera. La zona árida se eleva más en la parte norte de las islas más altas, que se encuentra en la parte con lluvia de los picos. Con frecuencia se la subdivide en zona inferior (de matorral) y una zona superior de bosques. Esta zona alberga a muchos cactus como la tuna (Opuntia spp.), el candelabro gigante (Jasminocereus thouarsii) y el cacto de lava (Brachycereus nesioticus), un cactus pionero que se asienta en los flujos de lava endurecidos.
Zona de transición
La vegetación se vuelve más densa a medida que aumenta la altitud y las precipitaciones. La Zona de Transición comprende especies tanto de la Zona Árida inferior como de la Zona Húmeda superior. Hay una variedad de árboles pequeños o arbustos, entre ellos el endémico Guayabillo, con una florecilla blanca, y un fruto pequeño semejante a la guaba, y el endémico tomatillo de Galápagos que tolera la sal.
Zona húmeda
Dependiendo de las precipitaciones, la altitud y el tipo de suelo del lugar, esta zona se puede dividir todavía más en sub-zonas: el bosque de Scalesia (una zona dominada por el lechoso, el matorral Miconia y la zona Pampa (con predominancia de helechos y juncias en los sitios de mayor altura). La humedad es mayor en esta zona, aunque mucha de la humedad proviene de las condiciones neblinosas antes que de la lluvia, y en la vegetación abundan las bromelias, los helechos, las orquídeas y los musgos, muchos de los cuales crecen en las ramas de los árboles como plantas epífitas.
Solamente las siete islas más altas, como la Isla Santa Cruz y la Isla Isabela, comprenden todas esas zonas.