La investigación de línea de base apunta a acumular conocimientos sobre el estado y la distribución de las especies nativas e introducidas, es decir los componentes de un ecosistema. Para detectar y medir los cambios, y evaluar su estado de salud, es esencial contar con datos detallados sobre el estado actual del ecosistema. La línea de base proporciona un marco de referencia con el cual se pueden evaluar los cambios que pueden darse en elementos específicos del ecosistema. Esta línea de base comprende datos actuales sobre dichos elementos (como plantas, reptiles, o especies de peces) y sobre los factores que afectan al ecosistema, como la población humana y sus actividades, y las especies invasoras.
© FCDFCD entomologo Lázaro Roque-Albelo usa una trampa de luz como parte de la coleción de datos para la linea base.La FCD y sus socios, en especial el Parque Nacional Galápagos, trabajan juntos para crear una línea de base de la biodiversidad de la isla, empleando estudios, conteos de población de especies y mapeo. Estos inventarios enfatizan el estado y la distribución de las especies nativas amenazadas y las especies de flora y fauna invasoras introducidas.
La gente con frecuencia piensa que Galápagos ha sido tan estudiado que seguramente ya existe una buena línea de base de información sobre flora y fauna del archipiélago. Sin embargo, no es así; todavía existen grandes vacíos de conocimientos. Por ejemplo, estudios nuevos sobre plantas amenazadas, en zonas que los científicos no habían visitado antes, han llevado al redescubrimiento de varias plantas endémicas que se creían extinguidas. El Proyecto de la Isla Isabela ha creado cuadrículas de sendas en varias islas, y estas nuevas sendas en zonas nunca exploradas han llevado a descubrir algunas de las poblaciones más densas que se conocen de tortugas gigantes.
Nuestra ambición es mantener a Galápagos en el estado más puro que sea posible, de modo que nuestra línea de base primordial de funcionamiento es el estado del archipiélago como eran en 1535, cuando fue descubierto, con todas sus poblaciones de flora y fauna en estado "natural" y sin la presencia de especies introducidas.