El objetivo principal de la FCD es determinar cuales son las investigaciones necesarias para poder dirigir efectivamente la conservación en Galápagos, un equipo multidisciplinario de científicos trabajan juntos para entender y determinar que tipo de investigación es necesaria para manejar los problemas claves de conservación.
Esto contribuye a entender por que Galápagos es una región de constantes cambios, abarca temas tales como las especies introducidas, las pesquerías, el cambio climático, el turismo y los impactos ambientales producto del desarrollo, el aliado más allegado de la Estación Científica Charles Darwin (ECCD) es el Parque Nacional Galápagos (PNG) y gente de la comunidad que está involucrada cuando es posible ayudando a los científico y en oportunidades como voluntarios.
Estudiando cuales son los problemas más significativos que enfrentan los ecosistemas de Galápagos, analizando los resultados de las diferentes investigaciones, se recomiendan las medidas necesarias para la conservación y se dirige el desarrollo de forma sostenible.
Estos estudios incluyen investigaciones de nuevas y potenciales especies invasoras (incluyendo parásitos y organismos patógenos), entendiendo los problemas que pueden generar en caso de desarrollarse y el impacto que tendrían sobre las diferente especies nativas y en sus comunidades ecológicas y hábitat.