La Estación Científica Charles Darwin realiza constantemente una investigación de alta calidad para apoyar a la misión de la FCD. Sin embargo, la implementación de dichos programas de investigación es crucial para una conservación eficaz de Galápagos. Los resultados científicos siempre deben reflejar los problemas y las necesidades actuales de Galápagos, producir información y recomendaciones oportunas, y ser significativos y estar a disposición de todos aquellos que se preocupan por Galápagos.
La investigación de la ECCD utiliza un enfoque multidisciplinario para investigar todos los aspectos del ecosistema. La mayor parte del trabajo se realiza en el campo, de acuerdo con el principio del Parque Nacional Galápagos de preservar la biodiversidad de Galápago in situ. Sin embargo, las técnicas de reproducción en laboratorio y cautiverio se utilizan cuando corresponde. FCD se apoya en expertos provenientes de diversos ámbitos educativos y profesionales para asegurar que los problemas relativos a la conservación, ya sea relacionados con el ser humano o con la naturaleza, se aborden desde perspectivas múltiples.
FCD ha identificado ocho áreas importantes de programa:
- Establecer líneas de base
- Apoyo y participación en los programas de monitoreo
- Crear mecanismos y modelos para la investigación
- Emprender estudios prioritarios
- Desarrollar enfoques de manejo experimentales
- Herramientas para apoyar la investigación
- Fortalecer y manejar alianzas científicas
- Publicación y difusión de los resultados de la investigación
Ya se ha realizado abundante investigación sobre especies individuales en Galápagos, y dichos estudios forman importantes cimientos para los nuevos programas estratégicos.

