En 1998 FCD estableció Centros de Educación Ambiental (CEA) en cada una de las islas pobladas de Galápagos: Santa Cruz, San Cristóbal, e Isabela.
Cada centro tiene una biblioteca especializada, material del campo, infraestructura y personal de la FCD que trabaja con los miembros de la comunidad que deseen realizar visitas, ya sean estudiantes, el público en general, u organizaciones.
En dichos centros se realiza un amplio programa de actividades educativas para la comunidad, cursos y talleres de capacitación para profesores, y actividades programadas para escuelas. Se han realizado tres campañas educativas sobre temas inmersos en la vida de los galapagueños, como el de la Reserva Marina, los peligros de las especies introducidas, y la sociedad de Galápagos y la conservación. Todas las actividades educativas no formales de la FCD han sido canalizadas por medio de los CEA, con la elaboración de herramientas educativas especializadas para cada isla, trabajando en coordinación con sistemas y planificación conjunta, seguimiento, y evaluación de actividades.
Además, los CEA ofrecen ayuda económica para proyectos de conservación, diseñan programas específicos de acuerdo con las necesidades de grupos particulares y ofrecen programas de vacaciones para los niños de las islas.
Los CEA tienen ocho guías didácticas de campo para profesores, como material didáctico de apoyo específico de Galápagos. Dichas guías fueron creadas por personal de FCD, con apoyo del British Council, y, empleando una metodología basada en la cuidadosa observación del medio ambiente, tienen la finalidad de aumentar el entendimiento y la capacidad analítica del estudiante sobre temas ambientales importantes de Galápagos. Las guías proponen actividades que los estudiantes pueden realizar en los CEA, en el campo, o en sus clases, con la ayuda de personal de la FCD que capacita a los profesores para usar las guías.
La Embajada Británica, el British Council, Zoologische Gesellschaft Frankfurt, y Lindblad Expeditions ayudaron a fundar los Centros Educativos Ambientales de Galápagos.