Uno de los objetivos de la FCD es apoyar a la educación de jóvenes científicos y conservacionistas ecuatorianos, por esta razón se ha creado un programa de becas para brindar la oportunidad a estudiantes ecuatorianos de realizar proyectos de investigación y conservación en Galápagos. Desde 1971, centenares de estudiantes se han beneficiado de dicho programa, apoyando el desarrollo sustentable de Galápagos.
El programa además ofrece becas a destacados estudiantes galapagueños que deseen continuar sus estudios universitarios en el Ecuador continental, en biología o carreras afines a la conservación del medio ambiente. Los postulantes a estas becas pasarán por un comité de selección para ser evaluados. Las ofertas dependen del financiamiento que la FCD disponga para este programa.
Como resultado de este programa, la FCD cuenta entre su personal de planta a algunos empleados que antes fueron becarios, y una serie de ex-becarios que ahora tienen puestos importantes en otras instituciones relacionadas con la conservación en el Ecuador.