La Asamblea General es el órgano rector de la Fundación Charles Darwin (FCD). Los científicos, miembros del gobierno del Ecuador, miembros de instituciones asociadas y otras organizaciones e individuos locales e internacionales proveen dirección a la Fundación como miembros de la Asamblea.

La Asamblea General se rige bajo los Estatutos de la FCD y sus tareas incluyen la elección de la Junta Directiva, establecimiento de políticas, emisión de regulaciones y la aprobación final del Plan de Operativo y el presupuesto de la FCD. Los miembros cumplen roles gobernantes, honorarios y activos, y se reúnen anualmente para hacer negocios. La próxima reunión está programado por noviembre, 2018. Los miembros Gobernantes Individuales y Miembros Gobernantes Institucionales son seleccionados por su apoyo continuo a la misión de la Fundación.

El Gobierno Nacional del Ecuador y la Organización de las Naciones Unidas para la Educación, la Ciencia y la Cultura son Miembros Gobernantes Institucionales permanentes. Se conceden afiliaciones honorarias a quienes han contribuido significativamente a la conservación de Galápagos. Miembros Individuales Activos son seleccionados basados en su apoyo continuo de la Fundación a través de sus actividades y / o contribuciones financieras.